红四军首占宁都城时，盘踞宁都的地方军阀赖世琮带着他的民团闻风逃回石城老巢。红四军一离开宁都，赖世琮便卷土重来，纠集反动势力，大肆捕杀共产党员和革命群众；勾结土豪劣绅，拉伕派款，加固宁都城墙。魏学训、温子和、彭占鏊等反动豪绅则聚集城西北的翠微峰，在观音山、黄竹山等几处险峰上建寨筑堡，以备对抗红军和革命群众。一时间，宁都笼罩在一片白色恐怖之中。

1929年3、4月间，毛泽东、朱德趁蒋桂军阀忙于争夺两湖之际，率领红四军回师赣南。

4月27日，毛泽东率红四军第三纵队主力到达宁都县青塘，与朱德率领的红四军第一、二纵队会合，准备攻打宁都县城，消灭赖世琮团。

在此之前，于都县于北区的地方武装葛燕华游击队，已经奉命于4月25日开始围攻宁都城。因城墙经守敌赖世琮团数月经营，加高至8米，加宽及2米，加之每座城门又增设了大闸门，异常坚固，故攻城两天未克。

但城虽未克，敌酋赖世琮的心胆却是早已俱寒。早在游击队攻城之前，他就作好了逃跑之计，安排手下将搜刮到的大批金银珠宝运回石城。

4月28日上午，毛泽东、朱德率领红四军3个纵队经王贯、竹坑进占宁都城西的虎陂、甑贝岭、刘坑、背村、土围一带。毛泽东、朱德及红四军军部驻刘坑中心塅的民房里。在这里，毛泽东、朱德、朱云卿等军部领导听取了宁都地方党组织负责人彭澎、王俊和于北区游击队负责人葛燕华等人的汇报。当天下午，毛泽东、朱德在彭澎、王俊引导下，前往蓟背岭察看地形。回到驻地后，确定了攻城方案。

听说要攻打县城，城郊附近的群众纷纷赶来支援。有的送粮送柴，有的送鱼肉，有的送来楼梯门板，有的送来土炮火药，有的干脆扛着梭镖、大刀前来要求参战。住在城墙下的老百姓，还帮助红军战士隐蔽到自己家里，在房屋的墙壁凿眼、架梯，以便对敌喊话、瞄准射击和攀爬入城。

4月29日拂晓，毛泽东、朱德在蓟背岭的攻城指挥所下达了攻击令。按预定方案，部队采用“声东击西”战术向县城发起猛攻，同时组织宣传队和群众向城内敌人喊话，加强宣传攻势，瓦解敌人军心。

赖世琮指挥民团凭借坚固城防，负隅顽抗。

主攻西门的红四军第一纵队第二支队支队长萧克，率部穿过城墙下的民房，找到了一个通向城内的涵洞。他指挥一部分战士从涵洞口潜入绕道城东云白垛袭扰敌人，自己则带领主力攀爬木梯登城，展开正面进攻。早已无心恋战的守敌，在红四军内外猛烈火力夹击之下，迅速溃败。红四军第一纵队第一支队党代表李赐凡率领突击连首先登上城头。红军全歼赖世琮团，活捉团长赖世琮、副团长谢益生及官兵500余人，缴枪数百支。

红四军攻占宁都城后，各纵队分头在县城四郊打土豪，分浮财，宣传发动群众。毛泽东、朱德则在城西温屋主持召开宁都县党员代表大会，帮助成立了中共宁都临时县委，选举赖金声任临时县委书记。并与中共宁都临时县委一起，深入发动群众，筹建县工农兵革命委员会和县赤卫大队。

5月3日，在城西“儒学”门前广场召开群众大会，宣布成立宁都县工农兵革命委员会，彭澎当选为主席。同时，成立宁都县赤卫大队，王俊任大队长，谢荫南任党代表。毛泽东和朱德在大会上讲了话。

会后，处决了作恶多端的敌民团副团长谢益生和另一个民团头目。民团团长赖世琮为保全性命，答应派其老婆回石城老家筹集银圆、弹药赎罪，请求红军予以宽恕。后来红四军押解赖世琮到了福建上杭县,不料，狡猾的赖世琮趁红军放松警惕之时，侥幸逃脱。回到石城老家后，他继续组织民团与红军对抗。1930年夏，赖世琮率石城民团向瑞金红二十四纵队进攻时，被红军击毙。

毛泽东驻宁都县城期间，还帮助刚成立的中共宁都临时县委，在江西省立第九中学（现宁都中学）举办了为时两天的党员训练班。毛泽东亲自讲课，为宁都革命运动的发展培养了一批坚强的领导骨干。

5月16日，毛泽东、朱德率红四军离开宁都城，向瑞金进发，再度进军闽西，开辟红色根据地。